Naturschutzfläche
Das Eichenwaldreservat ist der Grund für den ausserordentlich hohen Anteil von 93 Prozent der Badener Waldfläche an Naturschutzgebieten von kantonaler Bedeutung. Dazu wurde eine Vereinbarung auf 50 Jahre abgeschlossen, die noch bis 2057 läuft. Die Bewirtschaftung dieser Flächen berücksichtigt zwei Ansätze: der «Nutzungsverzicht von Alteichen» und der Pflegevertrag für die Förderung junger Eichen.
Naturschutzfläche
Nutzungsverzicht von Alteichen
Eichen mit einem Stammdurchmesser ab 50 Zentimeter sind geschützt und werden nicht wirtschaftlich genutzt. Ihre Kronen werden freigestellt, sodass sie genügend Platz haben, um sich zu entwickeln.
Pflegevertrag für die Förderung junger Eichen
Der Pflegevertrag sieht für die Förderung junger Eichen vor, pro Jahr 30 Are mit mindestens 30 Prozent Eichen zu verjüngen. Beobachtungen zeigen, dass die Natur diesen Prozess vorantreibt: Eicheln stehen auf dem Speisezettel der Eichelhäher ganz oben und im Herbst sammeln und verstecken die Vögel unzählige Eicheln als Wintervorrat. Aus Eicheln, die nicht gefressen werden, können im Frühling Sämlinge keimen, die zu jungen Eichen anwachsen und die Naturverjüngung begünstigen. Sofern die natürliche Verbreitung nicht ausreicht, pflanzt das Stadtforstamt zusätzlich Eichen an.
Sonderwaldreservat
Im Wirtschaftswald ist momentan auch ein Sonderwaldreservat definiert: «Lichter Wald Sonnenberg», das seit 2008 vertraglich abgesichert ist und ebenfalls Pflegeverträge hat. Dieser Waldteil mit über 90 Prozent Laubholz und fünf Prozent Eiben ist besonders wertvoll. Gefördert werden darin seltene einheimische und ökologisch wertvolle Baumarten wie Eiche, Speierling, Wildbirne, Eibe, Feldahorn, Kirschbaum und Pionierbaumarten wie Birken und Weiden. Der Mittelwald ist eine historische Bewirtschaftungsform und besteht aus zwei Baumschichten: einer Hauschicht in der Brennholz geerntet wird (z. B. Hagebuchen, Haselnuss, Bergahorn) und einer Oberschicht, in der Bauholz wie Eiche, Linde, Elsbeere, Föhre oder Eibe gewonnen wird. Der Mittelwald ist reich an Struktur und Arten.
Bereits in den letzten Jahren wurden Teile des Sonderwaldreservat als Mittelwald bewirtschaftet. Diese Fläche soll auf knapp 30 Hektar ausgeweitet werden, da der Mittelwald gute lichte Waldstrukturen ermöglicht. Der Holzvorrat liegt im Mittelwald, verglichen mit dem klassischen Hochwald, eher tief. Hochwald ist die in Baden vorherrschende Waldform. Sie besteht aus einer hohen Baumschicht und die Bäume werden im Alter von ca. 80 bis 120 Jahren gefällt. Die Bäume wachsen dabei aus Sämlingen auf und nicht wie im Mittelwald aus Stockausschlägen. Für die Überführung von Hochwaldflächen in Mittelwald muss der Holzvorrat deutlich reduziert werden. Aus Stabilitätsgründen dauert diese Überführung noch bis in die nächste Betriebsplanperiode (nach 2039) an. Für die Mittelwaldbewirtschaftung wird die Fläche in 30 Einheiten unterteilt. Die einzelnen Flächen werden alle 30 Jahre geerntet. Dazu werden einzelne Bäume der Oberschicht gefällt und die Unterschicht bis auf Stock abgeschlagen.
Im Sonderwaldreservat sind zurzeit sechs Altholzinseln definiert, auf diesen begrenzten Flächen wird nicht eingegriffen. Wenn alte Bäume absterben, werden sie dem Zerfall überlassen. Man spricht dabei von Totholz, das vielen Lebewesen einen Lebensraum (Habitat) bietet und der Vernetzung von Waldreservaten dient.
Ebenfalls auf Nutzung verzichtet wird in den beiden Naturwaldreservaten Unterwilerberg und Teufelskeller, dazu wurde ein Nutzungsverzichtvertrag über 50 Jahre beschlossen. Mit je über 50 Hektar Fläche sind beide Reservate eine Besonderheit im Mittelland.
Durch die Fusion mit der Gemeinde Turgi ist im Jahr 2024 die Altholzinsel Wilerhalde/Ramsel dazugekommen (3 ha), die an den Unterwilerberg angrenzt. Zudem wurden in Killwangen bestehende Altholzinseln erweitert und neue, kleine Waldparzellen in Ortsbürgerbesitz als Altholzinseln ausgeschieden (3.6 ha). Die zusätzlichen Altholzinseln haben den Anteil der Naturschutzfläche des Badener Waldes weiter vergrössert und leisten einen wichtigen Beitrag zur Biodiversität.